Futbola 11 yaşında, Bakırköyspor altyapısında başladı. 17 yaşında Süper Lig takımlarının dikkatini çekti.

İlk transferini Ankaragücü’ne yaptı. Oradaki bir buçuk sezonluk macerasının ardından Türk Telekom’a kiralandı. 2. Lig A Kategori’sinde bir buçuk sezon geçirdikten sonra Ankaragücü’ne döndü ve dört sene daha sarı – lacivertli takımla Turkcell Süper Lig’de top koşturdu.

Son iki sezon Ankaragücü’nün kaptanlığını da yapan Emre Güngör, 22 kez Ümit Milli oldu. 2007-2008 sezonu ara transfer döneminde Galatasaray’a katıldı. Rigobert Song gibi bir dünya yıldızının Afrika Kupası’nda bulunduğu sırada forma şansı bulan Emre, Galatasaray defansına çabuk uyum sağladı. Evli olan Emre’nin, 2007 Aralık ayında bir de oğlu oldu.